La primera referencia conocida a «Linares» la encontramos en 1142 en el Fuero de Daroca, como hito de demarcación del alfoz otorgado a esta villa zaragozana. Su conquista por Pedro II no llegará hasta 1202, perdido de nuevo y reconquistado en 1221-1222. Desde su reconquista permaneció en poder de la Mitra de Zaragoza, dependencia que se mantendrá hasta el siglo XIX. El primer registro demográfico data de 1414 con 132 vecinos fiscales, ascendiendo a 138 en 1438 (entre 270 y 350 habitantes).
Situada en la parte alta y media de un alto cerro contiguo al río Linares, el pasado medieval aflora por todos los rincones de la villa de Linares. La propia traza de sus calles es un excelente ejemplo del urbanismo de los núcleos de repoblación de un momento en el que la frontera sarracena se encontraba a muy escasa distancia. Encaramado en la parte más alta de la cumbre, se encuentra el Castillo. Inmediatamente debajo el caserío, protegido por un sólido recinto amurallado que aún conserva buena parte de su trazado. Al asentarse la población en un espacio de fuerte pendiente, las calles son largas y estrechas, paralelas a las curvas de nivel y comunicadas entre sí gracias a un sistema de bifurcaciones o uniones oblicuas, que permiten ganar el desnivel existente entre dos viales en un pequeño tramo. Las plazas y espacios abiertos son escasos, limitándose a ensanchamientos de los viales junto a la fachada principal de las casas consistoriales y en el entorno de la iglesia; el edificio de su parroquial, pese a ser de cronología posterior, alberga una valiosa cruz procesional y un retablo perteneciente a la escuela flamenca o a la de Limoges.
Junto al río, los restos de un antiguo puente califal nos recuerdan que Linares se asentó junto a un importante camino andalusí que cruzaba la Sierra de Gúdar.