Sistema defensivo integrado por el Castillo y un doble recinto amurallado. El más antiguo se corresponde con la fase de ocupación islámica; tras la conquista y repoblación cristiana, se creó el segundo recinto, seguramente coincidiendo con la repoblación asociada al fuero de 1184. Durante las Guerras Carlistas las murallas recuperaron su función militar, construyéndose una empalizada para defender la puerta de acceso al castillo y una galería fortificada que comunicaba con la antigua iglesia.
En el espolón sobre el que se asienta la villa medieval de Alcalá se pueden diferenciar dos recintos murados:
- El primer recinto aprovechaba al máximo los desniveles topográficos que delimitaban el caserío. Al Norte estaba el Castillo. Al Este había un potente afloramiento rocoso de hasta 4 metros de altura, que servía de muralla natural sobre la que se dispondría el muro; en él se abria el portal principal y un pequeño postigo. La parte meridional se protegía mediante un potente lienzo de la muralla de mampostería, trabada con cal. Por último, en la parte occidental se beneficiaba de la abrupta ladera y de un desnivel de 70 metros, no conservándose restos de la muralla.
- El segundo recinto se agregó al Este del anterior, hasta llegar al collado del espolón. Del Castillo partía un muro que protegía la parte septentrional, girando hacia el Sur para proteger el collado y enlazando con la cabecera de la iglesia románica, que estaba integrada en la muralla; junto a ésta se abría el principal portal del nuevo recinto; más abajo está el Portal de Castillo Bajo, que es el único conservado. En la esquina suroriental se construyó una potente estructura fortificada de 12 m. de altura; a partir de este punto la muralla vuelve a girar para proteger el flanco meridional, hasta enlazar con el primer recinto; en este último lienzo se abría un pequeño postigo, que comunicaba con las huertas de Bajo Lugar.